Si la ejecución de un emisario submarino es una obra compleja, en el caso del de Santoña fue necesario enfrentarse a las duras condiciones del mar Cantábrico, que exigió disponer de robustas protecciones de la tubería que asegurasen su durabilidad y funcionalidad.
El proyecto, con un presupuesto de algo más de 24 millones de euros se ejecutó en 30 meses y fue reconocido en los años 2009 y 2010 con dos premios, uno de ellos de carácter europeo.